Wilayah hukum Pengadilan Tinggi Agama Pekanbaru meliputi  12 (dua belas) Pengadilan Agama yang berada dalam Provinsi Riau, yaitu :

1. Pengadilan Agama Pekanbaru dengan yurisdiksi Kota Pekanbaru
2. Pengadilan Agama Bangkinang dengan yurisdiksi Kabupaten Kampar
3. Pengadilan Agama Pangkalan Kerinci dengan yurisdiksi Kabupaten Pelalawan
4. Pengadilan Agama Rengat dengan yurisdiksi Kabupaten Indragiri Hulu
5. Pengadilan Agama Tembilahan dengan yurisdiksi Kabupaten Indragiri Hilir
6. Pengadilan Agama Pasir Pengaraian dengan yurisdiksi Kabupaten Rokan Hulu
7. Pengadilan Agama Ujung Tanjung dengan yurisdiksi Kabupaten Rokan Hilir
8. Pengadilan Agama Dumai dengan yurisdiksi Kota Dumai
9. Pengadilan Agama Bengkalis dengan yurisdiksi Kabupaten Bengkalis
10. Pengadilan Agama Selat Panjang dengan yurisdiksi Kabupaten Kepulauan Meranti
11. Pengadilan Agama Siak Sri Indrapura dengan yurisdiksi Kabupaten Siak Sri Indrapura
12. Pengadilan Agama Teluk Kuantan dengan yurisidiksi Kabupatan Kuantan Singingi